Das Museum zeigt in fünf Abteilungen die Geschichte der ehemaligen Innerdeutschen Grenze am Beispiel des Landkreises Helmstedt. Neben Text- und Bildtafeln werden zahlreiche Originalobjekte, Fotos, Modelle und lebensgroße Darstellungen präsentiert. So entsteht ein anschauliches Bild der Grenze von ihrer Anfangszeit bis zur Wiedervereinigung Deutschlands 1990.


Wechselnde Sonderausstellungen sowie eine Museums CD-Rom und Filmmaterial runden das Angebot für die Besucher ab.

Das Zonengrenz-Museum Helmstedt ist Bestandteil von "Grenzenlos". Hierzu gehören auch das Grenzdenkmal Hötensleben, die Gedenkstätte Deutsche Teilung Marienborn und die Helmstedter Universitätstage.